Actuala manastire va fi continuarea manasitirii Mracunea. A fost ridicata in 1523, dar dupa unele lucrari ar fi existat in a doua jumatate a secolului al XV-lea.
Desi din timp in timp a fost degradata si daramata, in 1788 era locuita.
A fost reconstruita in 1931, iar in 1947 s-a ajuns cu cladirea bisericii la rosu cu acoperis cu sindrila, dar a fost acoperita de apele Dunarii, retinute in perimetrul lacului de acumulare de la Portile de Fier.
Dupa 1989, Mitropolia Olteniei a avut initiativa reinfiintarii Manastirea, in 1995 s-a inceput construierea bisericii.