Se pare ca in preajma unei vechi bisericute de lemn, Petru I Musat (1375-1391) a ridicat aici primul lacas de piatra, la finalizarea si la inzestrarea caruia au mai contribuit si ceilalti voievozi Musatini de la sfarsitul veacului al XIV-lea. Este adevarat ca cercetarile arheologice efectuate in incinta manastirii nu au oferit rezultate concludente pentru a confirma aceasta ipoteza, dar numeroasele insemnări si celelalte referiri documentare mai tarzii, la care se adauga izvorul trainic al traditiei, nu lasa nici o umbra de indoială in a considera Manastirea Neamt ca fiind ctitoria cea mai veche si cea mai importanta a primilor Musatini.
Alexandru cel Bun (1400 - 1432), desi a pastrat in centrul atentiei propria ctitorie de la Bistrita, a fost mereu aproape si de nevoile Manastirii Neamt pe care a intărit-o si a inzestrat-o, cu marinimia-i cunoscuta. Din punct de vedere constructiv, lui i se datoreaza unele lucrari de reparatii la biserica de piatra a lui Petru I, partea inferioara a turnului-clopotnita si mai multe cladiri ce fac parte din incinta asezamamtului: chilii, turnuri de aparare, arhondaric etc.